由緒・沿革

康平５年（１０６２年）源義家が日本武尊命の先蹤にならってこの地に兜と太刀を納めて氏神八幡宮を勧請し東北鎮護の社として祀られました。
寛永１８年（１６４１年）宮守の庵を造る為に南側の山裾を切り開いたところ神穴が出現し、この頃から穴八幡宮と唱えられるようになりました。
慶安２年（１６４９年）４２坪の社殿をはじめ数々の殿舎が竣工し、また大名・旗本からも種々の寄進があり（殊に加賀前田家の崇敬の念篤く金沢城内に穴八幡宮を勧請、その後明治初年城内より遷され光松八幡宮として祀られている）江戸屈指の大社として重んぜられました。特に安政元年（１７０３年）の造営は江戸権現造り社殿として壮麗を極めました安政５年（１８５４年）青山火事のため類焼し再興に努めましたが仮社殿のまま明治維新を迎えました。昭和に入り、あいついで広壮な社殿が完成し旧時の盛観に復しましたが、今次大戦によりことごとく罹災しました。
しかし戦後いち早く仮社殿により再興し、その後崇敬者の御芳志等により平成元年より慶安・元禄の江戸権現造りの当社設計絵図を基に御本殿御社殿等の造営をはじめ平成十年の随神門の竣工をもちまして往時の姿に復し、引き続き鼓楼の竣工やその他の再建、また境内整備に着手し今日に至っています

特殊神事

神事高田馬場流鏑馬（しんじたかたのばばやぶさめ）
享保１３年（１７２８）八代吉宗将軍が世嗣の疱瘡平癒祈願のために当社北の馬場で奉納されたのが始めで、ついで十年後の元文３年に若君誕生の奉賽として盛大に行われ、その盛儀を絵巻二巻に写して奉納されました。
以後幕末までに主なものだけでも１２回におよび中でも嘉永の時のものは盛大なものでした。維新後は中絶されましたが昭和９年に再興しましたが戦争により再び中絶しましたが昭和３９年に復興し、毎年体育の日に実施され古式豊かにして、しかも勇壮な流鏑馬は昭和６３年に新宿区指定無形民俗文化財に指定され今日に至っています。
なお当社頒布の加富良矢御守は前記の昭和９年の神事流鏑馬に際して鏑矢を宮中に奉献したにことに因み、同年より社頭で頒布されるようになった御守です。

一陽来復御守
冬至の日から節分の日まで頒布される一陽来復御守は他の類例のない全国唯一の御守です。この御守は当社に伝えられる福神に起因するもので江戸中期より授与された独特な御守で金銀融通の御守とも呼称され、毎年全国各地より多くの崇敬者が参拝に訪れます。

蟲封じ諸祈祷
正保３年（１６４６年）三代家光将軍の厄除祈祷を執行して以来、幕府の祈祷所として月々祈祷札を大奥に納め、幕末に至るまで代々の将軍の信仰篤く、将軍参詣も十数回におよびました。特に小児の蟲封祈祷は江戸市民の間にも崇敬者が多く有名でした。
維新後には大正天皇御誕生の折、中山一位局（明治天皇御生母）の御参拝があり、年々御蟲封を謹修し御守札を献上しました。以来各親王御誕生の都度同様に御祈願があり、また常に御代拝を遣わされました。
また一般の方々の御祈願も年々数を増して、今日では二代、三代に渡って蟲封じ祈祷をされる方も大変多くなっています。